中国科协及其全国学会共主办科技期刊892种，占我国科技期刊总数的18.6%。据2005年的统计数据，中国科协及其全国学会科技期刊被《科学引文索引》（SCI）核心版收录的数量占我国科技期刊被收录总数的40.0%；美国工程索引（EI）收录中国科协及其全国学会科技期刊的数量占我国科技期刊被收录总数的
比例达到77.0%。不难看出，中国科协科技期刊整体水平在国内较高。但在3月20日发布的中国科协科技期刊发展报告（2007）中显示：“虽然中国科协及其全国学会主办科技期刊有较高的学术地位，但与国际高水平期刊相比仍有一定差距，同时各期刊之间水平也有很大差距。”
缺乏高质量稿件
报告表明，由于我国科技整体实力、研究水平有限，以及科技和人才评价机制等多种因素的影响，致使中国科协科技期刊缺乏高质量的稿件，不仅难以吸纳高水平的国外论文，而且国内一流学术稿件也难以留住，大量外流，这严重影响到期刊的学术水平。据美国科学信息研究所（ISI）发布的2005年度《期刊引证报告》（JCR-2005），中国科协科技期刊的总被引频次平均值为785次，高于中国科技期刊的总被引频次平均值（681次），但是远低于JCR所有源期刊的总被引频次平均值（3675次）。
目前，学会主办的学术期刊的平均发表周期在7—12个月，期刊发表周期长，缺乏时效性，也直接影响了期刊对作者和读者的吸引力。
管理多元力量分散
据调查，2006年在中国科协及其全国学会主办的892种科技期刊中，中国科协主管421种，中国科学院主管97种，卫生部主管68种，其他180多个部门或单位主管307种。另据179家全国学会对734种科技期刊调查反馈，学会作为第一主办单位主办的期刊595种，其中真正由主办科技期刊的学会实质性形式办刊（主要能行使人、财、物管理）为279种；作为第二、第三、第四主办单位主办的期刊139种，管理上比较被动，有时编辑部需要盖主办单位的公章时才能跟主办单位发生关系。
同时，这些科技期刊的主办单位、业务主管部门、出版单位（承办单位）关系重叠，许多学会虽然主办科技期刊，但编辑部设在挂靠单位或参与主办的其他单位。
办刊条件亟待改善
报告认为，在中国科协及其全国学会主办科技期刊自身面临诸多问题的同时，一些政策、人力投入、办刊硬件等条件因素，也在制约着科技期刊的发展。
首先是审批政策急需调整。期刊管理部门应针对我国与国外科技合作日趋频繁、科技期刊的细分趋势的现状，酌情放宽科技期刊的准入制度，积极支持根据学科发展和市场需要创办的新刊，特别是大力支持创办英文版期刊，从而使全国学会期刊这一重要学术交流能紧跟国际科学前沿发展动态，提升我国的科技出版实力，积极应对国际科技出版竞争。
其次，科技期刊人力资源建设亟待加强。目前，期刊从业人员总体数量不多，而且结构不合理，经营人员太少，专门从事期刊产品创意设计的几乎没有。据2006年调查，平均每个期刊人数为5.3人，其中编辑4.4人、经营人员0.5人、行政管理人员0.4人。这种人力分散、人员多能、作坊式的办刊模式，对期刊出版单位提高经营管理水平、创精品期刊、创国际品牌十分不利，更难与国外大的科技出版集团抗衡。
三是信息化建设滞后。目前只有50.9%%科技期刊建立了自己的网站。在建成的网站中，多数网页信息更新慢，网页的功能开发和实现程度不够。
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